Arrêt maladie fonctionnaire 2026 : 90 %, puis demi-traitement

Jour 1 : un jour de carence, jamais indemnisé

Le premier jour de chaque arrêt maladie d'un agent public n'est pas rémunéré : la rémunération ne reprend qu'au deuxième jour. Cette règle, rappelée par service-public.gouv.fr dans sa fiche F13861, s'applique aux trois versants de la fonction publique — État, territoriale, hospitalière — et aux contractuels comme aux titulaires. Un seul jour, donc, contre trois jours de carence dans le secteur privé, mais un jour retenu à chaque nouvel arrêt, et non une fois par an.

L'exception mérite d'être connue, car elle évite de perdre une journée pour rien : aucun nouveau jour de carence n'est appliqué si l'agent n'a pas repris son travail plus de 48 heures entre deux arrêts accordés pour la même affection, à condition que le médecin ait coché la case « prolongation ». Le jour de carence ne s'applique pas non plus au congé pour accident de service, à la maladie professionnelle, au congé de longue maladie renouvelé, ni au congé de maternité. Concrètement, sur un traitement mensuel de 2 300 €, une journée de carence coûte environ 77 € ; trois arrêts courts dans l'année en coûtent 230.

Jours 2 à 90 : 90 % du traitement, et non plus 100 %

Du deuxième au quatre-vingt-dixième jour, le fonctionnaire en congé de maladie ordinaire conserve 90 % de son traitement indiciaire — et non plus l'intégralité comme c'était le cas jusqu'en 2025. Ce changement vient du décret n° 2025-197 du 27 février 2025, publié au Journal officiel du 28 février 2025 en application de la loi de finances pour 2025, et il s'applique aux congés de maladie ordinaire accordés à compter du 1er mars 2025. Le décret n° 2025-198 du même jour traite du cas des agents publics relevant de régimes particuliers.

Deux précisions changent le calcul réel. D'abord, le taux de 90 % porte sur le traitement indiciaire : les primes et indemnités (RIFSEEP, IFSE, complément indemnitaire annuel) obéissent à leurs propres textes, et leur maintien dépend de la délibération de la collectivité ou de l'arrêté ministériel applicable — un agent fortement primé perd donc, en proportion, davantage que ne le laisse croire le pourcentage affiché. Ensuite, ces douze mois s'apprécient sur une période de référence glissante de douze mois consécutifs, et non par année civile : plusieurs arrêts successifs se cumulent pour faire avancer le compteur vers le demi-traitement.

Jour 91 : le demi-traitement, la vraie marche

À partir du 91e jour d'arrêt, la rémunération tombe à 50 % du traitement indiciaire, et elle y reste jusqu'au douzième mois. C'est la seule marche brutale du dispositif : on ne passe pas de 90 à 80 puis à 70 %, on passe directement de 90 à 50. À titre de repère, le salaire net moyen en équivalent temps plein s'élevait en 2024 à 2 317 € par mois dans la fonction publique territoriale et à 3 018 € dans la fonction publique d'État, selon les études Insee Première n° 2101 et n° 2100 publiées en 2026.

Simulation Je Simule sur un traitement indiciaire de 2 300 € bruts par mois, à partir des taux publiés par service-public.gouv.fr (fiches F490 et F13861) et du décret n° 2025-197 du 27 février 2025. Hors primes et indemnités, qui relèvent de textes distincts.

C'est ce décrochage que couvre une garantie « incapacité temporaire de travail », que les assureurs vendent aux agents publics sous le nom de maintien de salaire. Notre page assurance prévoyance détaille les trois points qui font la différence entre deux contrats : la franchise, la base d'indemnisation (traitement seul ou traitement plus primes) et la durée maximale de versement.

Au-delà de douze mois : CLM, CLD ou disponibilité d'office

Passé douze mois de congé de maladie ordinaire, l'agent ne peut plus rester dans ce cadre : il bascule vers un congé de longue maladie, un congé de longue durée, une reprise à temps partiel thérapeutique, un reclassement, la retraite pour invalidité ou la disponibilité d'office pour raison de santé. Ces régimes, décrits par service-public.gouv.fr, ont chacun leur propre barème et supposent l'avis du conseil médical.

• Congé de longue maladie : trois ans au maximum, un an à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.
• Congé de longue durée : cinq ans au maximum pour certaines pathologies, trois ans à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.
• Disponibilité d'office pour raison de santé : c'est le scénario le plus dur, l'agent n'étant plus rémunéré par son employeur.
• Retraite pour invalidité : possible sans condition d'âge lorsque l'inaptitude est définitive et que le reclassement est impossible.

Ces situations expliquent pourquoi les contrats de prévoyance des agents publics comportent presque toujours un second étage, la garantie invalidité, distincte du maintien de salaire : c'est elle qui prend le relais quand le congé de maladie ordinaire arrive à son terme et que le conseil médical se prononce.

Ce que votre employeur paie en 2026 : 7 € en prévoyance, 15 € en santé

Depuis le 1er janvier 2025, tout employeur territorial doit financer au minimum 7 € par mois et par agent la cotisation de prévoyance, et depuis le 1er janvier 2026, 15 € par mois pour la complémentaire santé. Ces montants planchers sont fixés par le décret n° 2022-581 du 20 avril 2022 et rappelés sur le portail collectivites-locales.gouv.fr. Dans la fonction publique d'État, l'employeur participe également à hauteur de 7 € par mois en prévoyance, sur des contrats collectifs à adhésion facultative.

Le calendrier a bougé en 2026, et il vaut la peine d'être suivi. Selon une actualité publiée le 17 février 2026 par le portail de la fonction publique (DGAFP), près d'un quart des agents de l'État avaient accès à un contrat collectif de prévoyance au 1er janvier 2026, et l'ensemble d'entre eux pourront y adhérer d'ici la fin de l'année 2026. Côté santé, l'adhésion est obligatoire dans la fonction publique d'État, avec 50 % de la cotisation payés par l'employeur : 30 % des agents environ étaient couverts début 2026, plus de 80 % le seront au 1er mai 2026.

Sources : portail de la fonction publique (DGAFP), actualité « Le point sur la protection sociale complémentaire des agents publics » du 17 février 2026 ; portail collectivites-locales.gouv.fr et décret n° 2022-581 du 20 avril 2022 ; loi n° 2025-1251 du 22 décembre 2025.

Choisir sa garantie maintien de salaire : cinq points à vérifier

Le prix d'une garantie de maintien de salaire s'exprime en pourcentage du traitement brut, et deux contrats affichés au même tarif peuvent indemniser du simple au double. Avant de signer, cinq vérifications suffisent à écarter les mauvaises surprises.

1. La base d'indemnisation : traitement indiciaire seul, ou traitement plus régime indemnitaire ? L'écart peut représenter un quart de votre paie réelle.
2. Le taux garanti : certains contrats ramènent la rémunération à 90 % du net, d'autres se contentent de compléter le demi-traitement à 75 %.
3. La franchise : le contrat prend-il le relais dès le 91e jour, ou après un délai supplémentaire de 30 ou 60 jours à demi-traitement ?
4. Le traitement des affections dorsales et psychiques, première cause d'arrêt long : sont-elles exclues, soumises à hospitalisation préalable, ou couvertes sans condition ?
5. L'étage invalidité et la garantie décès : le contrat s'arrête-t-il à la fin du congé de maladie ordinaire, ou prend-il le relais au-delà de douze mois ?

Dernier réflexe, souvent oublié : un arrêt long fait aussi grimper les dépenses de santé, au moment précis où le revenu baisse. Vérifiez dans la foulée le niveau de votre mutuelle santé, et si vous remboursez un crédit, relisez les conditions d'assurance emprunteur de votre prêt : la garantie incapacité y couvre l'échéance du prêt, jamais le reste du budget familial. La prévoyance, elle, couvre le revenu.